本发明提供了一种在线涂覆型改性双向拉伸聚酯薄膜及其制备方法和用途，所述改性双向拉伸聚酯薄膜是在聚酯基膜的单面或双面有涂层，所述涂层为水性涂布液涂覆于聚酯基膜表面后经过挥发干燥后得到，所述水性涂布液包括水性树脂、固化剂、表面活性剂、壳聚糖、功能助剂，所述水溶性树脂是由包括以下单体共聚得到：偏二氯乙烯、丙烯酸、（甲基）丙烯酸烷基酯，醋酸乙烯酯和丙烯酸纤维素。本发明提供的薄膜镀铝后阻隔性好，特别适合作为食品包装材料使用，同时薄膜与铝层的附着力高,剥离强度达8.7N/25mm以上，由于铝层牢度高，即使在高热高湿条件下也不会发生脱铝现象，大大降低消防安全隐患和对人体危害性，具有明显的绿色环保意义。