本发明公开了一种连续流微通道反应器中制备6‑取代‑2‑三氟甲基苯丙硫醚的方法，包括：控制微通道反应器各反应模块的反应温度；分别将配制的二异丙胺四氢呋喃溶液和3‑三氟甲基苯醚基化合物的四氢呋喃溶液打入反应模块1中混合均匀；将正丁基锂正己烷溶液打入反应模块2中，与上述物料反应制备中间体锂盐；将二丙基二硫醚打入倒数第2个反应模块M‑1中，与中间体锂盐反应；最后经处理得到6‑取代‑2‑三氟甲基苯丙硫醚。本发明采用连续流微通道反应器在一定反应条件下进行反应，无需四甲基乙二胺仍然具有较高的反应转化率和反应选择性，从而大大降低了生成成本，适合工业化生产。