本发明公开了一种两轮车用动力电池系统智能并联系统、控制方法及两轮车，其中方法包括：获取各电池系统的电压，判断各电池系统之间的电压最大压差是否小于电压阈值；若是，采用均衡启动模式；若否，采用不均衡启动模式；其中，均衡启动模式下，各电池系统均衡向驱动电机供电；不均衡启动模式下，动态调用各电池系统使驱动电机降功率运行，并动态监测各电池系统的电流状态，当各电池系统间的电流差值小于安全阈值时，各电池系统均衡向驱动电机供电。该方案可以避免回流线性损坏电器元件，在电池系统间出现不均衡的情况时，还可以给车辆提供稳定的电能，以供车辆行驶。