本发明提供了一种微生物发酵菌剂及其应用和应用其的畜禽粪便发酵方法，涉及微生物发酵技术领域，本发明提供的微生物发酵菌剂，包括凝结芽孢杆菌、变黑轮枝菌、木醋杆菌、菊糖芽孢乳杆菌、黑曲霉以及细长真杆菌，通过相互协调和相互配合，形成了一个能够实现快速高效发酵畜禽粪便的微生物系统；本发明提供的畜禽粪便发酵方法，利用了本发明提供的微生物发酵菌剂，具有成本低廉，操作简便，快速高效，易于推广的优点，可以快速改变畜禽粪便环境污染的状况，并且，制备得到的发酵产物中含有丰富的有机质及营养物质，又可以有效的利用资源，为农业提供高效肥料。