本发明提供了一种百日咳或百白破疫苗中百日咳杆菌气管细胞毒素的筛查方法及含量测定方法，含量检测方法包括以下步骤：（1）标准工作曲线的绘制：称取适量百日咳杆菌气管细胞毒素对照品，配制成标准工作溶液；将标准工作溶液用高效液相色谱串联质谱进行分析，即可得到对照品的色谱图，根据溶液浓度与对应色谱峰面积的关系得到标准工作曲线；样品检测：取待测样品加入同等体积乙腈，混匀后，离心，取上清液用高效液相色谱串联质谱进行分析检测，根据待测组分的响应峰面积和标准工作曲线，得出待测组分百日咳杆菌气管细胞毒素的含量。本方法具有超高灵敏度，且比欧洲药典要求的限度低1409倍。