本发明涉及一种亲水作用色谱‑反相色谱组合二维液相系统及其分析方法，该系统包括亲水作用色谱柱、反相色谱柱、检测器、自动进样器、第一泵组件、第二色谱泵、第三色谱泵、混合器、样品环和切换阀；所述第一泵组件与所述亲水作用色谱柱接通，所述第二色谱泵和第三色谱泵分别与所述混合器接通，所述混合器与所述反相色谱柱接通；所述切换阀至少具备以下2种连接状态：连接状态1：将检测器的入口与亲水作用色谱柱的出口接通，并将样品环的两个端口分别与第二色谱泵、混合器接通；连接状态2：将检测器与反相色谱柱接通，并将样品环的两个端口分别与亲水作用色谱柱和系统外接通。该系统可实现对极性差异较大的多组分目标物的一次性分析。