本发明公开了一种破伤风类毒素或白喉类毒素的监测方法：（1）标准品的酶解；（2）固相萃取富集目标肽段；（3）高效液相色谱串联质谱分析；（4）绘制标准特征肽段表，得到标准品种各特征肽段相对响应强度；（5）样品检测，计算得到样品中各特征肽段的相对响应强度、回收率；（6）根据特征肽段回收率良好的肽段数目对脱毒效果进行评价。本发明的监测方法，首次实现了定量监测破伤风类毒素、白喉类毒素工艺稳定性的方法，解决甲醛脱毒蛋白的工艺缺乏监测方法的问题，将为破伤风疫苗、白破二联、百白破三联、五联苗、多糖蛋白结合疫苗的生产优化和新型多糖蛋白结合疫苗的研发提供有效的定量数据，加快疫苗质量提升进程和新产品研发。