本发明属于化工技术领域，尤其涉及一种草甘膦生产尾气中氯甲烷的清洁回收系统及清洁回收工艺。本发明提供的清洁回收系统包括：中和塔；与所述中和塔的塔釜液出口相连接的汽提塔；分别与所述中和塔的出气口和所述汽提塔的出气口相连接的分离塔；与所述分离塔的塔顶出料口相连接的脱氯甲烷塔；与所述脱氯甲烷塔的塔顶出料口相连接的浓硫酸干燥塔；与所述浓硫酸干燥塔的出气口相连接的冷凝装置。本发明提供的回收系统通过对草甘膦生产尾气进行中和、汽提和多效精馏，解决了现有工艺在回收草甘膦生产尾气的过程中存在的氯甲烷粗品中水分、甲醇、甲缩醛等组分偏高的问题，减少了干燥工序的硫酸使用量和废硫酸的处理量。