本发明涉及有机硅领域，本发明公开了一种聚醚和长链含氟烃基共改性聚硅氧烷及其制备方法、应用。本发明对聚硅氧烷的分子结构进行了设计和合成，具体是在聚硅氧烷分子链中同时引入两种聚醚结构以及长链含氟烃基进行改性，将所得聚醚和长链含氟烃基共改性聚硅氧烷制备为消泡剂，能够适应绝大多数水性和油性体系，从而能在大多数的消泡剂场景下都有出色的消泡和抑泡能力，使用范围广泛。