本发明公开了深水高精度抛石夯平与基床清淤多功能施工船及施工方法，所述施工船包括船体，所述船体上安装有抛填机构、夯平机构和清淤机构，所述的抛填机构包括用于约束抛石方向的溜槽和用于提升溜槽的提升组件，所述的溜槽底部固定安装有第一连接部件，所述的夯平机构包括用于夯实整平基床的振动锤，所述的振动锤顶部设有可与第一连接部件固定连接的第二连接部件，所述的清淤机构包括用于吸排水底淤积物的清淤组件，所述的清淤组件顶部设有可与第一连接部件固定连接的第三连接部件。该施工船可实现水下基床抛填、清淤、夯实整平多种功能的切换，完成基床抛填、整平、清淤作业，可以提高施工船舶的利用率，降低施工成本，简化施工方法。