本发明提供了一种土壤盐碱地综合治理方法，包括如下步骤：对区域治理整理，将整理后的土地区块间隔开设排水沟，该排水沟呈倒梯形，其排水沟取出的土用于两侧的界梁搭建；在地势低的一侧开设与排水沟垂直设置的排水渠；向界梁搭建好的区域灌水，利用地势进行快速冲洗，区域晾7～10天，深耕2～3次，后浸灌3～5次，浸灌时间3～5天；后晾10～15天，施微生物化肥，铺设薄膜发酵3～5天，揭开薄膜，敞亮发酵10～15天；后施有机综合肥，旋耕1次，在旋耕后的土壤上施有机菌种，旋耕1～2次后铺设薄膜发酵5～7天，回收薄膜；再次整地，铺洒机生物质。本发明利用有机质、有机肥以及微生物进行土质改良，增加土壤的改良续力，可以形成循环改良。