本实用新型公开了一种双层孕羊配种室，包括蓄水箱，所述蓄水箱底部连接有排水管，其排水管外侧壁连接有蓄水阀，且排水管末端设置有下水口，所述排水管外侧壁设置有水平支撑墙，且水平支撑墙底部设置有配种室主体，所述饮水槽底部设置有饮水阀，所述水槽支撑墙底部连接有配种室底座，其配种室底座顶部侧壁设置有保温层，且保温层顶部侧壁设置有微生物发酵层，所述配种室底座底部侧壁设置有杀菌室，其杀菌室底部侧壁设置有下水壁，且下水壁底部连接有土壤层。该双层孕羊配种室采用双层结构设置杀菌室对配种室主体进行消毒，不仅减少了人力浪费，同时增强了杀菌效果，通过增强配种室的清洁度，使得孕羊体质增强从而加快孕羊的配种效率。