本发明公开了一种A型赛尼卡谷病毒灭活疫苗及其制备方法和应用。所述的A型赛尼卡谷病毒灭活疫苗中含有灭活后的猪A型赛尼卡谷病毒全病毒颗粒抗原以及佐剂，其中所述的猪A型赛尼卡谷病毒全病毒颗粒抗原是由猪A型赛尼卡病毒全长感染性cDNA克隆通过病毒拯救获得的，所述的感染性cDNA克隆的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明将灭活的猪A型赛尼卡谷病毒全病毒颗粒抗原与兽医药学上可接受的佐剂相配伍，特别是兽医学上可接受的多聚赖氨酸羟甲基纤维素聚肌胞配伍，可提高灭活全病毒疫苗的免疫原性和效果，一头份就可产生完全保护，保护持续期1年。相比亚单位、病毒样颗粒疫苗，生产成本低，相比减毒活疫苗更加安全。