本发明公开了一种硅片清洗的调度方法，用于调度两个承载硅片的硅片载片盒在硅片清洗设备中同时进行硅片清洗工艺，包括当在非化学药液槽中的硅片载片盒完成工艺时，判断其下一工艺单元以及机械手是否均为空闲；若是，则判断如果机械手将该硅片载片盒取出并放入下一工艺单元，该硅片载片盒是否会与另一硅片载片盒同时处于不同的化学药液槽中或该另一硅片载片盒是否会无法在工艺完成后立即从化学药液槽中取出。当判断结果均为否时才将硅片载片盒取出并放入下一工艺单元。本发明还提供了一种调度系统，能够确保两个硅片载片盒不会同时处于化学药液槽中，且工艺完成后能及时从化学药液槽中取出。